小規模組込みシステムでは最適化・適応化が特に重要であることから、μT-Kernel 3.0はT-Kernelとは異なり、ソースコードの単一性を保持しない。その代わり、リファレンスコードと呼ばれる参照用のソースコードを提供する。
リファレンスコードはμT-Kernel 3.0の実装の一つであり、トロンフォーラムにより配布される。T-Kernelと異なっているのは、このリファレンスコードだけがμT-Kernel 3.0であるということではなく、OS実装者はこれを改造しても良いし、全く独自の実装をしても良い。ただし、リファレンスコードと同じ振舞いをするもののみがμT-Kernel 3.0仕様OSとして認められる。
リファレンスコードは仕様書だけでは規定するのが難しい細かい部分の動作までを規定するもので、このリファレンスコードという概念の導入により、ターゲットに合わせた適応化・最適化を行ないやすくしつつも、異なる実装に対して動作の一貫性を保つことができる。